9月5日，《自然-微生物學(xué)》雜志在線發(fā)表了中國科學(xué)院微生物研究所、中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院、首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京地壇醫(yī)院等單位合作研究成果：Intra-host dynamics of Ebola virus during 2014，第一次系統(tǒng)揭示了埃博拉病毒在宿主內(nèi)的進(jìn)化模式，并指出了病毒基因與重要變異位點(diǎn)在病毒-宿主相互作用中的作用。
2013年至2015年，西非經(jīng)歷了史上最嚴(yán)重的埃博拉病毒暴發(fā)事件，超過28,000人感染，11,000多人死亡。中國政府向塞拉利昂政府派駐了以中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院、中國疾病預(yù)防與控制中心等單位的專業(yè)人員為主的移動(dòng)醫(yī)療檢測隊(duì)，在非期間檢測了大量臨床樣本，通過對(duì)175株埃博拉病毒進(jìn)行全基因組測序，揭示了埃博拉病毒在塞拉利昂的傳播規(guī)律，指出了病毒穩(wěn)定的變異速率，相關(guān)結(jié)果于2015年發(fā)表在《自然》雜志，并入圍“2015年度中國科學(xué)十大進(jìn)展”。
在前期研究的基礎(chǔ)上，研究團(tuán)隊(duì)再接再厲，繼續(xù)瞄準(zhǔn)病毒在體內(nèi)的進(jìn)化規(guī)律，力求揭開埃博拉病毒與宿主相互作用的面紗。研究團(tuán)隊(duì)設(shè)計(jì)開發(fā)了埃博拉病毒基因組的新測序策略-擴(kuò)增子深度測序，并為此開發(fā)了一套全新的生物信息學(xué)分析流程，通過對(duì)135個(gè)樣本的測定，在病毒暴發(fā)過程中第一次明確地發(fā)現(xiàn)了埃博拉病毒在宿主內(nèi)進(jìn)化過程中曾經(jīng)產(chǎn)生的710個(gè)單核苷酸變異位點(diǎn)（intra-host single nucleotide variation, iSNV）；通過對(duì)于上述iSNV位點(diǎn)的生物信息學(xué)分析、系統(tǒng)發(fā)生分析以及群體遺傳學(xué)分析，首次發(fā)現(xiàn)非編碼突變對(duì)于埃博拉病毒的影響，證實(shí)位于NP基因下游的兩個(gè)連鎖的突變位點(diǎn)能夠顯著提高NP基因的轉(zhuǎn)錄；發(fā)現(xiàn)病毒最保守的基因VP40基因受到強(qiáng)烈的負(fù)選擇，其突變對(duì)于病毒大都有害，可以作為最有效的抗病毒靶點(diǎn)。
該研究成果是在人群中傳播研究的基礎(chǔ)上，從個(gè)體內(nèi)種群變異這一嶄新角度闡明了病毒的進(jìn)化過程，解讀了病毒的進(jìn)化規(guī)律，推動(dòng)了“宿主內(nèi)進(jìn)化”這一國際上病毒學(xué)的前沿領(lǐng)域發(fā)展，是進(jìn)化領(lǐng)域的重大突破與必要補(bǔ)充。該研究成果的新技術(shù)、新理論，對(duì)于今后制定新發(fā)突發(fā)傳染病的防控策略具有重大意義。
該課題是國內(nèi)多家科研單位協(xié)同努力的成果。研究工作受到科技部“973”、重大專項(xiàng)、“863”，中科院埃博拉專項(xiàng)，國家自然科學(xué)基金委員會(huì)，北京市科委等項(xiàng)目資助。軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所博士倪銘、首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京地壇醫(yī)院傳染病研究所博士陳晨和軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院軍事獸醫(yī)研究所研究員錢軍為論文并列第一作者。中科院微生物所研究員劉翟和軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所研究員伯曉晨、中科院微生物所中科院院士高福、軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院放射與輻射醫(yī)學(xué)研究所研究員王升啟為文章通訊作者。
圖1：埃博拉病毒全基因組水平iSNV位點(diǎn)頻率分布分析。
圖2：埃博拉病毒iSNV突變位點(diǎn)在人群中的分布網(wǎng)絡(luò)與進(jìn)化關(guān)系。
